Voici l'explication de l'INRA.
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Quelles sont les particularités de la clémentine ?
La clémentine est un fruit sans pépin mais non stérile ; il arrive que l’on rencontre des pépins dans une clémentine. Le pollen de clémentinier pourtant parfaitement viable, ne parvient pas à féconder une fleur de clémentinier. Dans un verger uniquement constitué de clémentiniers, on n’obtient donc que des clémentines sans pépin c'est-à-dire sans graines. En revanche, si le verger de clémentiniers est proche d’un verger de citronniers ou de mandariniers, alors le pollen de ces variétés peut féconder les fleurs de clémentiniers et on obtient des clémentines avec pépins. Si on sème un pépin trouvé dans une clémentine, on obtient un individu hybride entre le clémentinier et la variété d’où vient le pollen, on ne peut donc pas obtenir de clémentinier à partir d’un pépin.
La multiplication des clémentiniers par greffage est le seul moyen d'obtenir un nouveau clémentinier. Tous les clémentiniers communs sont donc issus, par greffages successifs, de l'arbre originel du père Clément. Ils sont, a priori, génétiquement identiques. Puisque le greffage consiste en une multiplication à l’identique, on parle de "clones". Néanmoins, des mutations naturelles apparaissent spontanément chez certains clémentiniers. Ces mutations sont souvent sélectionnées, ce qui explique la diversité des clémentiniers communs existant aujourd'hui. Paradoxalement, on parle alors de "clones différents".