Sans la coque, effectivement, ça peut pousser très vite mais c'est très fragile au moindre champignon.
J'ai personnellement arrêté cette technique. Si je veux faire des semis de prunus (je fais surtout du prunier et ne fais pas d'amandier ni de cerisier mais je ne pense pas que ce soit très différent), je prend des fruits très murs, je les laisse même limite un peu fermenter pour que la chair se détache bien du noyau, je les lave bien jusqu'à avoir des noyaux bien propres que je met dans un pot avec un substrat assez sableux.
Ensuite, ça passe l'hiver dehors en vérifiant de temps en temps que ça ne sèche pas trop longtemps, et au printemps, j'ai profusion de beaux petits plants, bien solides et bien forts.
De manière générale, si la graine est bien réhydratée (ce dont je ne doute pas après un trempage de 24h), elle n'a plus besoin d'eau jusqu'à un stade avancé de la germination, il est donc préférable de la mettre dans un substrat juste humide, et surtout pas confiné.